Անհիշելի ժամանակներից Քաջարանի բնակավայր լինելու մասին են վկայում Գանձասար լեռան վրա մինչև 1950-ական թվականները պահպանված հեթանոսական մատուռը, քաղաքի տարածքում հայտնաբերված հանքախորշերը , ձուլարանների հետքերը, հանքանյութի թափվածքներ: Դրանք վկայում են,որ Քաջարանի տարածքում պղինձ են ձուլել դեռևս բրոնզի դարում:
Քաղաքի տարածքը մաս է կազմել պատմական Սյունիք նահանգի Ձորք գավառին:
Արշակունիների պետության անկումից/428թ/ հետո ողջ Զանգեզուրի հետ միացվել է Իրանին, VII դ վերջերին տիրել են արաբները, IX-Xդդ եղել է Բագրատունիների թագավորության կազմում, իսկ X-XI դդ անկախ Սյունիքի թագավորության կազմում: Քաջարանի Անդոկավան թաղամասի տարածքում է գտնվում Բաղաբերդը, պատմական Հայաստանի խոշորագույն պաշտպանական կառույցներից մեկը; 1170 թ. Բաղաբերդի անկումով /այն դավաճանությամբ գրավեցին Գանձակի սելջուկները Ելակուզ ամիրայի գլխավորությամբ/ վերացավ Սյունյաց թագավորությունը:
XI-XII դդ տարածքին տիրել են սելջուկները,XIII-XIV դդ՝ մոնղոլները,Կարա-կյունլու և Ակ-կոյունլու թուրքմենական ցեղերը, իսկ XVI դարից՝ պարսիկները; XVIII դարի 20-ական թվականներին տարածքի բնակիչները մասնակցել են Դավիթ-Բեկի գլխավորած ազատագրական պայքարին:
1828 թ. Թուրքմենչայի պայմանագրով միանում է Ռուսաստանին, մտնելով նախ Ղարաբաղի պրովինցիայի, ապա՝ Ելիզավետապոլի նահանգի մեջ; Քաղաքի ընդերքի հետազոտմամբ առաջինը զբաղվել է Գ.Աբիխը՝ 1835թ.: 1850-ին հույները կառուցել են պղնձաձուլական գործարան : 1918-21թթ մտնում է Հայաստանի առաջին հանրապետության կազմի մեջ; Բնակիչները ակտիվ մասնակցություն են ունեցել Գարեգին Նժդեհի գլխավորած ազատագրա- կան պայքարին:
Սովետական կարգերի հաստատումից հետո՝1939-45-ին կատարվել է ընդերքի մանրամասն հետազոտում; 1945-ից շահագործվում է Գանձասարի պղնձամոլիբդենային հանքը, իսկ 1952-ին գործարկվում է ,,ԶՊՄԿ,,ՓԲԸ -ն:
Քաջարանի,որպես քաղաքի , ձևավորումը կապված է հանքի շահագործման և կոմբինատի ստեղծման հետ; 1958-ին Քաջարան և Ողջի ավանների միացումով առաջացել է Քաջարան քաղաքը՝ 11 հազար բնակչով , որի գլխավոր հատակագիծը մշակվել է 1965թ-ին /ճարտարապետներ՝ Ա. Հարությունյան, Հ. Դավթյան և ուրիշներ/ 
Քաղաքի աարածքում են եղել պատմական հիշատակություն ունեցող հետևյալ բնակավայրերը. 
Քաջարանց/Կաճաճուտ/, Վերին Հանդ /Բանիս/.Ողջի. Արալըղ/Արալեզ// գյուղերը; Բաղաբերդ , Զևա, Բաղակու քար, Աչաղու բերդերն ու ամրոցները ;