Ծաղկաձորի անունն արդեն իսկ հուշում է, որ այն հնուց ի վեր գրավիչ է եղել որպես բնակավայր և հանգստավայր: 
«Ծաղիկների ձոր»-ում (ինչ բառացի նշանակում է քաղաքի անունը) մարդը բնակություն է հաստատել դեռևս III-V դդ: Ծաղկունյաց լեռների հարավ-արևելյան մասում ընկած գեղատեսիլ հովտի անտառներում որսի են դուրս եկել հայոց արքաները և նախարարները (իշխանները): Արտոնյալ դասին տեղանքը հրապուրել է իր մեղմ, առողջարար կլիմայով: Դարեդար Ծաղկաձորը մնացել է իշխանների տիրապետության տակ: 
Վաղ միջնադարում (IV — Vդդ.) այս հողերը պատկանել են հայոց թագավորի կալվածքները տնօրինող Վարաժնունի տոհմին: VIդ.-ում հովիտն անցավ հայկական ազդեցիկ Կամսարական տոհմի տիրապետության տակ, որը սերվել էր Իրանի 7 մեծագույն տներից մեկի` Կարին-Պահլեվիդներից: Կամսարական տոհմի հետնորդ, Պահլավունի տոհմի առաջնորդ Գրիգոր Մագիստրոսը 1033թ. հրամայեց Ծաղկաձորում կառուցել եկեղեցի, որը կոչեցին Սուրբ Գրիգոր Լուսավորչի անունով: Այսպես հիմնվեց Կեչառիս վանական համալիրը` հովտի իրական գանձը:
XVIIդ. սկզբին քոչվորական ցեղերը, գրավելով «Ծաղիկների ձորըե, տեղանքը կոչեցին Դարաչիչագ (քաղաքը կրկին Ծաղկաձոր վերանվանվեց 1947թ-ին): Իսկ երբ Արևելյան Հայաստանը միացավ ռուսական կայսրությանը (1828թ.), Ծաղկաձորը մտավ Էրիվան նահանգի մեջ: Այդ տարիներին Ծաղկաձորում բնակություն հաստատեցին հազարավոր հայ գաղթականներ Արևմտյան Հայաստանից և Պարսկաստանից: Այստեղ իր ամառային նստավայրերը սկսեց կառուցել արդեն նահանգային հասարակության սերուցքը: Քաղաքը պահպանեց իր հայտնի հանգստավայրի կարգավիճակը նաև խորհրդային իշխանության օրոք: Ծաղկաձորում հանգստանում էին ոչ միայն Հայաստանի քաղաքացիները,այլև այստեղ գալիս էին ԽՍՀՄ ողջ տարածքից: Հովտում գործում էին երկու տասնյակ պիոներական ճամբարներ, հանգստյան տներ: Ծաղկաձորը տեղակայված է նույն բարձրության վրա, ինչ Մեխիկոն: Ուստի Մեքսիկայի մայրաքաղաքում կայանալիք` 1968թ.-ի Ամառային Օլիմպիական խաղերի նախաշեմին հենց Ծաղկաձորում կառուցվեց ԽՍՀՄ գլխավոր սպորտային համալիրը: Այստեղ օլիմպիադաներին և աշխարհի առաջնություններին են պատրաստվել աշխարհի տարբեր երկրների հավաքականները: Իսկ երբ 1972թ.-ին Թեղենիս լեռան լանջերին կառուցվեց ճոպանուղին, Ծաղկաձորը հայտնի դարձավ նաև որպես լեռնադահուկային կուրորտ: ԽՍՀՄ-ի փլուզումից հետո քաղաքը արագ կերպով հաղթահարեց ճգնաժամը և դարձավ անկախ Հայաստանի և Հարավային Կովկասի առաջնակարգ զբոսաշրջության կենտրոններից մեկը: 
 Այսօր Ծաղկաձորը ժամանակակակից հանգստավայր է`զարգացած տուրիստական ենթակառուցվածքով, հիասքանչ շրջակա միջավայրով և անվտանգության բարձր մակարդակով: Այն հարմարավետ կուրորտային քաղաք է, որն առաջարկում է համաշխարհային չափանիշներին համապատասխան ծառայություններ: Քաղաքը սերտ կապեր է հաստատել լեռնադահուկային տուրիզմի այնպիսի համաշխարհային կենտրոնների հետ: