Կապանի մասին առաջին հիշատակությունը վերաբերում է V դարի վերջերին։ Ըստ երևույթին, այդ ժամանակ Կապանը սովորական բնակավայր էր։ X դարից սկսած մատենագիրների մոտ Կապանն արդեն հիշատակվում է որպես քաղաք։ Կապանը X դարի վերջում (հավանաբար 998-1001 թթ. սահմաներում) դարձել է Սյունիքի թագավորության մայրաքաղաքը։

Կապանն ուներ դիրքային մի շարք առավելություններ։ Նրա արևմտյան կողմում գտնվող Բաղաբերդ և Բաղակու քար բերդերը ապահովում էին քաղաքի անվտանգությունն արևմտյան և հյուսիս-արևմտյան կողմերից։ Քաղաքի հյուսիսային կողմով անցնում է Կապան գետը, որն այդ մասում առաջացրել է խոր կիրճ՝ խիստ զառիվեր և անտառապատ լանջով, իսկ դիմացը մի քանի հարյուր մետրի հասնող ժայռ էր։ Հարավային կողմով ձգվում էին Արևիքի բարձրաբերձ և ժայռոտ լեռները, որոնք անմատչելի էին դարձնում քաղաքը հարավային կողմից։ Այս է եղել պատճառը, որ քաղաքը հարավային և հյուսիսային կողմերից հարկ չի եղել պարսպապատելու։ Համեմատաբար դյուրին էր քաղաք մտնել արևելյան կողմից, այդ պատճառով էլ քաղաքի այս մասը պարսպապատված է եղել։

1103 թվականին Կապանն ավերման է ենթարկվում սելջուկների կողմից։ Այնուհետև Կապանը մի քանի դար շարունակում է իր գոյությունը, բայց արդեն իբրև ոչ քաղաք, այլ սովորական բնակավայր։

16-17-րդ դարերում Կապանն ընկել է պարսից տիրապետության տակ։ 18-րդ դարում Արցախում և Սյունիքում ազատագրական պայքար բռնկվեց։ Կապանը դարձավ լեգենդար հերոս Դավիթ Բեկի գլխավորած Սյունիքի ազգային ազատագրական շարժման կենտրոն։ Ամրանալով Հալիձորում Բեկն իր զորախմբով հաղթանակներ տարավ մինչև 1727թ., երբ օսմանյան բանակը սկսեց Սյունիքի ասպատակումը։ Դավիթ Բեկի հալիձորյան զինակիցները որոշ ժամանակ հաջողությամբ կասեցնում էին թշնամու առաջխաղացումը, սակայն ի վերջո Սյունիքը տեղի տվեց մի քանի անգամ գերազանցող օսմանյան բանակի առջև։ 18-րդ դարում Կապանը մշտապես կռվախնձոր է եղել Ռուսաստանի և Պարսկաստանի միջև։ 1800թ. այն փաստորեն տրոհված էր այդ երկու տերությունների միջև` Ողջի գետով սահմանազատված։ 1813-ի Գյուլիստանի համաձայնագրով և 1828-ի Թուրքմենչայի պայմանագրով, Կապանն ամբողջովին անցավ ռուսական տիրապետության տակ, իսկ ցարական Ռուսաստանի անկումից հետո` 1918-1920թթ., Կապանը նորից դարձավ հայերի անկախության պայքարի կենտրոն։ Ի վերջո Խորհրդային Հայաստանի սահմանները ներառեցին նաև Սյունիքը։ 1991թ. Հայաստանի Հանրապետությունն իր երազած անկախությունը նվաճեց և կատարվեց երկրի նոր վարչատարածքային բաժանում։ 1995թ. Հայաստանը բաժանվեց մարզերի և Կապանը դարձավ Սյունիքի մարզկենտրոնը։